Khái niệm chính sách tôn giáo trong cuốn sách này được dùng để chỉ những quy định của Nhà nước phong kiến triều Nguyễn đối với tôn giáo nhằm điều chỉnh, hướng dẫn các hành vi, hoạt động tôn giáo của tổ chức, cá nhân diễn ra phù hợp với các quy định của Nhà nước phong kiến (luật, chiếu, chỉ, dụ...). Vì vậy, cũng có thể coi, chính sách tôn giáo thời Tự Đức nói riêng cũng như của cả thời kỳ phong kiến ở Việt Nam nói chung là thái độ ứng xử của nhà nước phong kiến đối với các tôn giáo. Với ý nghĩa như vậy, khái niệm chính sách tôn giáo thời phong kiến không hoàn toàn giống như ý nghĩa của khái niệm này thời hiện đại.
Trong lịch sử Việt Nam, cho tới những năm đầu thế ký XX vẫn chưa có "chính sách tôn giáo" đầy đủ theo nghĩa hiện đại. Nghĩa là quan hệ giữa nhà nước và các tổ chức tôn giáo chưa được định chế bằng luật pháp và các văn bản pháp luật, mà các nhà nước phong kiến ở Việt Nam thường sử dụng các văn bản của triều đình như chiếu, chỉ, dụ... để quản lý và vận hành các tôn giáo. Tuy vậy, vẫn có những nhân tố có thể xếp vào phạm trù chính sách tôn giáo. Ở Việt Nam, Trung Hoa và một số nước phương Đông trong thời kỳ phong kiến, vua là người nắm cả thế quyền lẫn thần quyền, nhà nước sử dụng các định chế ở các mức độ từ cao đến thấp (cao nhất là luật, thấp hơn là chỉ, dụ) nhằm điều chỉnh các hành vi xã hội trong lĩnh vực tôn giáo. Các triều đại ở Việt Nam từ Lý – Trần đến Lê – Nguyễn đều có những ứng xử với tôn giáo theo cách thức này. Hiện nay, trong các văn bản pháp luật Việt Nam, chính sách tôn giáo bao gồm các văn bản, chủ trương của Nhà nước đối với các tôn giáo.
Nhà nước phong kiến Việt Nam thời Tự Đức là nhà nước quân chủ chuyên chế, tất cả quyền hành tập trung trong tay nhà vua. Trên thực tế, năng lực và tính cách của các ông vua là những nhân tố quyết định các chính sách đương thời. Tuy nhiên, bên cạnh vai trò của nhà vua còn có bộ máy quan lại với chức năng cố vấn và thực thi các chính sách. Tùy từng thời kỳ và tùy từng công việc mà bộ máy này có những ảnh hưởng nhất định đến nhà vua và nhiều khi trở thành áp lực đối với việc ban hành các chính sách, nhưng rất khó xác định mức độ ảnh hưởng của bộ máy này với các chính sách đương thời vì những văn bản của nhà nước đều do chính tay nhà vua "ngự phê". Mặt khác, những chính sách của nhà nước trong quá trình thực hiện cũng có những sai lệch nhất định tùy theo từng điều kiện, hoàn cảnh và phạm vi cụ thể. Do vậy, khái niệm chính sách tôn giáo thời Tự Đức được sử dụng trong cuốn sách sẽ bao hàm cả những nội dung trên, khai thác tối đa những nguồn tài liệu đa chiều để rút ra những nhận xét, đánh giá.
Nội dung cuốn sách Chính sách tôn giáo thời Tự Đức (1848-1883) sẽ tập trung giải quyết những vấn đề chính sau đây:
Thứ nhất, tìm hiểu bối cảnh chính trị, kinh tế, văn hóa, xã hội Việt Nam thế kỷ XIX, những nguy cơ và tác động mà triều đình Tự Đức phải đối diện trong quá trình bị thực dân và truyền giáo.
Thứ hai, tìm hiểu tình hình sinh hoạt, tôn giáo và chính sách đối với các tôn giáo lớn thời Tự Đức như Nho giáo, Phật giáo, Đạo giáo và Công giáo.
Thứ ba, phân tích những nguyên nhân cơ bản, những hạt nhân hợp lý, cũng như những nghịch lý trong chính sách tôn giáo thời Tự Đức, từ đó rút ra những mặt tích cực cũng như hạn chế trong thái độ ứng xử của triều vua này đối với các tôn giáo, những bài học kinh nghiệm và ý nghĩa lịch sử để góp phần giải quyết các vấn đề chính trị, xã hội ở nước ta hiện nay nói chung và cho việc hoàn thiện chính sách tôn giáo của Đảng và Nhà nước ta nói riêng.
